候选身份不丢失
物种、Gene / Protein ID、候选来源、底物和供体贯穿表格、工作台、比较和报告。
SCIENCE PLATFORM / 方法与边界
把植物 UGT 的线索，组织成可判断的研究路径。
UGTLD 面向这样一个问题：在一个物种、一个受体底物和一个糖供体的研究上下文中，哪些 UGT 候选值得下一步验证？平台把候选身份、证据来源、缺失状态和研究者判断放在同一条链上。
RESEARCH INPUT
SpeciesAcceptorDonor
UGTCandidate
SpaceAtlas · Table · Reverse screening
SpaceAtlas · Table · Reverse screening
↳
Evolutionfamily · sequence · PSPG
◇
Structurefold · pocket · pose
▦
Biologysamples · expression · pathway
DECIDECandidate
CenterEvidence stays separate
CenterEvidence stays separate
RESEARCH OUTPUTS
CompareReportEvidence Package
MECHANISM / ENGINEERINGindependent deep path
Reaction geometry, pocket and mutation hypotheses remain distinct from formal Evidence Status.
Method overview only · missing evidence remains visible · Priority ≠ Coverage ≠ Decision
为什么需要一条完整的证据链？
植物 UGT 家族通常拥有大量相似序列、宽泛的底物可能性和不完整的功能注释。候选太多并不意味着问题已经被解决。
单一序列相似度、一次 docking 或一个表达信号都只能提供线索。研究者需要知道候选是谁、证据从哪里来、哪些证据尚未生成，以及下一步最值得做什么。
证据可以回溯
分析运行、方法版本、Artifact、质量状态和限制被保留，历史结果不会自动冒充当前项目证据。
研究者保留判断权
Priority、Coverage 和 Researcher Decision 独立展示。平台支持决策，不替研究者发布实验结论。
一项研究如何在 UGTLD 中展开？
从研究问题开始，到可复核的科研输出结束。每一步保留上下文，每个缺失状态都明确呈现。
01 / DEFINE研究问题与输入
物种 · 受体底物 · 糖供体 · 研究范围
02 / DISCOVER候选空间
UGT Atlas · Table · 注释分组 · 真实树分支
03 / ANALYSE三轴证据
Evolution · Structure · Biology；缺失不被改写成负面
04 / DECIDE判断与输出
Candidate Center · Compare · Decision · Report · Export
信息如何回流：
Mechanistic Investigation 和 Engineering 是独立深入路径；计算结果与正式 Evidence Status 分离，研究者可以在已有证据之外保留待验证假设。
三层产品架构：公开评估、跨项目管理、单项目研究。
公开网站介绍平台系统与分析原理，并提供方法示意、案例说明、使用指南和登录入口。登录后的 Research Workspace 管理多个项目及共享资源；进入一个 Project Workspace 后，研究者在同一项目上下文中查看五个研究阶段。三层的访问范围与数据边界各自清楚。
Public Website
平台与系统介绍、分析模块原理可视化、方法示例、研究者指南和受邀登录入口。
Research Workspace
在账号权限范围内组织多个研究项目，管理物种、UGT、化合物和组学资源，并查看个人数据、分析结果与可导出的研究产物。
Project Workspace
单项目工作区以左侧导航连接 Candidate Discovery、Evidence Analysis、Integrated Assessment、Mechanistic Investigation 和 Research Outputs。
Scientific method and system principles.
This method-and-system overview explains how research inputs, distinct evidence views, assessment, and traceable outputs fit together. It is separate from the three user-facing product spaces above, and does not imply that every service is enabled in this release.
Evidence-guided discovery and validation
- Biological inputs: species, acceptor, donor, omics, and literature
- Curated evidence with quality checks and source provenance
- Integrated inference and candidate assessment
- Experimental validation can feed back into candidate records
One candidate record, multiple evidence views
- Persistent identity and provenance across a project
- Resource retrieval, sequence and structure context
- Structure, omics, and benchmark evidence remain distinguishable
- Reports carry source links, limitations, and run context
Versioned data and modular services
- Public and project data retain separate access scope
- Normalized entities connect sources by stable identifiers
- Service and computation layers expose analysis states
- Web views present searchable, traceable outputs
This diagram summarizes the scientific analysis model, not the product's three user-facing spaces. It does not certify the availability or validation status of an individual dataset, model, or service.
五个阶段，共享同一个研究上下文。
阶段不是孤立页面，而是同一项目中逐步收窄不确定性的研究路径。
01Candidate Discovery
定义物种与底物，建立有来源的 UGT 候选空间。
02Evidence Analysis
分别查看 Evolution、Structure 和 Biology 的状态与限制。
03Integrated Assessment
在 Candidate Center 比较证据，区分 Coverage、Priority 和 Decision。
04Mechanistic Investigation
进入反应几何、口袋、工程和突变研究等深入路径。
05Research Outputs
形成带候选身份、版本、来源和限制的报告与证据包。
核心模块各自回答一个科研问题。
模块之间共享上下文，但不把不同类型的证据压缩成一个没有解释的总分。
家族与序列背景
查看 Family、Sequence QC、PSPG、系统发育位置和参考 UGT。PSPG 是供体相关背景，不等于实验特异性。
模型支持什么
区分 RF2、Boltz-2、Docking、复合体和反应几何；模型完成不自动等于正式 Structure Evidence AVAILABLE。
样本语境是否可用
表达、通路和 Virtual KO/OE 需要数据集、样本元数据和标识映射。缺失表达不解释为零表达。
综合查看，不重写语义
候选中心汇总三轴证据、Coverage、System Priority、Researcher Decision 和下一步动作。
从筛选走向机制
口袋、关键残基、FoldX 和突变比较支持工程假设；稳定性预测不等于真实酶活变化。
让结果可以复核
报告、图表和 Evidence Package 带有项目、候选、Run、Artifact、来源和适用范围。
可信赖来自清楚写出的边界。
UGTLD 的公开说明不把计算能力包装成实验事实，也不隐藏证据空白。
缺失证据不等于负面证据
NOT_RUN、FAILED 和 UNAVAILABLE 分别说明尚未运行、运行失败或当前数据不适用。
计算结果不等于实验验证
结构、对接、表达和虚拟扰动支持假设，不能替代体外酶活、产物鉴定或其它实验。
历史产物不能自动成为当前证据
只有与项目、候选、方法和权限范围一致的 Artifact 才能进入正式项目解释。
Priority、Coverage、Decision 各自独立
覆盖度不会自动推导排名，研究者决策不会被平台改写为科学结论。
如何开始一项研究？
公开层提供方法地图，详细点击路径和真实工作区操作见 Docs；项目数据需要合法 Research Workspace 权限。
准备研究问题
明确物种、目标受体、糖供体、候选范围，以及可用的序列、结构和组学输入。
审阅候选与证据
从 UGT Table 和 Candidate Pool 进入三轴工作台，检查来源、状态、缺口和上下文。
形成下一步
比较候选并记录独立研究判断，再生成带来源和限制的报告、图表或 Evidence Package。